Bir denizin veya okyanusun en derin kısmı, gündüz bile güneş ışığı alma olanağına sahip değildir. Denizin veya okyanusun en derin kısımlarında yaşayan organizmalar, doğaları gereği vücutlarında ışık avantajına sahiptirler. Hayvanlardaki bu özelliğe biyolüminesans denir. Bu onların avlanmalarına ve bazen de avcılardan saklanmalarına yardımcı olur. Bazıları bunu bir meşale kullandığımız için de kullanır. Bu ışıldamanın oluşmasına yardımcı olan kimyasal her organizmada farklıdır. Aequorea victoria, biyolüminesans için GFP oluşturan bir denizanasıdır. Bu protein hakkında daha fazla bilgi edinmek için GFP ve YFP arasındaki bazı farkları burada bulabilirsiniz.
GFP vs YFP
GFP ve YFP arasındaki fark, GFP'nin denizanasında üretilen ana protein olması ve YFP'nin YFP'nin mutasyona uğramış versiyonu olmasıdır. GFP, Yeşil Floresan Proteindir ve YFP, Sarı Floresan Proteindir. Renkleri de farklıdır, biri yeşil, diğeri sarıdır. Sarı Floresan Protein, Yeşil Floresan Proteinin emisyon ve uyarım tepe noktalarına kıyasla daha yüksek emisyon ve uyarım tepe noktalarına sahiptir.
GFP'nin tam formu Yeşil Floresan Protein'dir. Aequorea Victoria olarak bilinen bir denizanasında bulunur. GFP'nin temel özelliği, bulanık ultraviyole ışınlarına maruz kaldığında yeşil floresan yaymasıdır. Bu protein 238 amino asitten oluşur. Ayrıca, çoğunlukla deneyler için kullanılan bazı geliştirilmiş versiyonları vardır. Bunlar, hücrelerde ve moleküler biyoloji alanında yeni genler üretmek için kullanılır.
YFP'nin tam formu Sarı Floresan Protein'dir. Aequorea Victoria'da bulunan Yeşil Floresan Proteinin sessiz versiyonudur. Bu protein, mavi UV ışınlarına maruz kaldığında sarı floresan yayar. Bunun üç geliştirilmiş versiyonu vardır. Bunlar Ypet, Sitrin ve Venüs'tür. Bu protein ayrıca hücrelerde ve moleküler biyolojide deneyler için kullanılır.
GFP ve YFP Arasındaki Karşılaştırma Tablosu
| Karşılaştırma Parametreleri | GFP | YFP |
| Tam form | Yeşil Floresan Proteini | Sarı Floresan Proteini |
| Elde edilen | Bir denizanası türü olan Aequorea Victoria | Yeşil Floresan Proteinin genetik mutantı |
| Uyarma zirvesi (dalga boyu) | 395 nm | 515 nm |
| Emisyon zirvesi (dalga boyu) | 509 nm | 527 nm |
| Geliştirilmiş sürümler | smRS-GFP | Ypet, Sitrin, Venüs |
GFP nedir?
GFP'nin tam formu Yeşil Floresan Protein'dir. Aequorea Victoria olarak bilinen bir denizanasında bulunur. GFP'nin temel özelliği, bulanık ultraviyole ışınlarına maruz kaldığında yeşil floresan yaymasıdır. Bu protein 238 amino asitten oluşur. Molekül kütlesi 27kD'dir. Ayrıca, çoğunlukla deneyler için kullanılan bazı geliştirilmiş versiyonları vardır.
Bu protein, emisyon tipi ve uyarma tipinin floresan dalga boylarına sahiptir. Emisyon zirvesi, ışının yayıldığı aralıktır ve uyarma zirvesi, fotonların heyecanlanıp ışığı yaymaya başladığı zamandır. Uyarma tepe noktası 395nm'dir ve emisyon tepe noktası 515nm'dir.
GFP, hücre ve moleküler araştırmalarında büyük bir uygulamaya sahiptir. Bu protein, bilim adamları tarafından hücrelerde ve molekülerde haberci gen olarak kullanılır. Raportör gen, deney için kullanılan ve ana gene göre kolaylıkla tanımlanabilen başka bir gene bağlanan bir gen türüdür. Bu, biyolüminesans özelliklerinden dolayı bir raportör gen olarak kullanılır.
Bu proteinin başka birçok avantajı da vardır. Bu gen kalıtsaldır ve diğer genlerle biyolojik olarak reaksiyona girmez. Bu nedenle araştırmalarda en çok bu gen tercih edilmektedir.
YFP nedir?
YFP'nin tam formu Sarı Floresan Protein'dir. Aequorea Victoria'da bulunan Yeşil Floresan Proteinin sessiz versiyonudur. Bu protein, mavi UV ışınlarına maruz kaldığında sarı floresan yayar. Bunun üç geliştirilmiş versiyonu vardır. Bunlar Ypet, Sitrin ve Venüs'tür. Bu protein aynı zamanda mikrobiyoloji deneylerinde de kullanılır.
Sarı Floresan Protein, Aequorea Victoria olarak bilinen derin deniz denizanasında bulunan vahşi Yeşil Floresan Protein çeşidinin dört mutasyonundan sonra oluşur. Mutasyonun ana ve en önemli değişiklikleri, treoninin 203 konumunda tirozin adı verilen başka bir kimyasalla yer değiştirmesidir. Bu değişiklik YFP varyantını doğurdu. YFP'nin uyarma tepe noktası 515 nm'dir ve emisyon tepe noktası 527 nm'dir. Her iki tepe noktası da ana GFP'ye göre daha yüksektir.
YFP'nin geliştirilmiş sürümleri olan Ypet, Citrine ve Venus, ana proteinlerinden daha fazla avantaja sahiptir. Bunlar, bu geliştirilmiş varyantların, ana YFP'ye göre daha hızlı olgunlaşmaya, artan lüminesansa ve klorüre karşı azaltılmış duyarlılığa sahip olmasıdır. YFP ayrıca hücre ve moleküler biyoloji alanında da kullanılmaktadır. YFP, esas olarak genetik olarak kodlanmış sensör genleri için alıcı olarak kullanılır. Venüs varyantı, yeni amino asit dizisinde bir değişikliğe sahiptir.
GFP ve YFP Arasındaki Temel Farklar
Çözüm
Bu proteinler esas olarak okyanusların derinliklerinde yaşayan suda yaşayan hayvanlarda bulunur. Bunlar hayatta kalmaları için çok önemlidir. GFP ve YFP, Aequorea Victoria adlı bir denizanasında bulunan kimyasalların sadece örnekleridir. Farklı organizmalarda hayatta kalma gereksinimlerine göre bu türden sonsuz sayıda kimyasal bulunur.
Günümüzde proteinlerindeki genler araştırmalarda kullanılmakta ve diğer genlerle permütasyon kombinasyonundan birçok yeni genin doğmasına yol açmaktadır. Bunlardan bazıları farklı avantajlara sahiptir ve bu da ihtiyaç duyulan alanlarda kullanımlarına yol açar.
